Einzeller rufen die Krankheit hervor, die sogenannten Histomonaden (Histomonas meleagridis). Sie trifft vor allem bei Puten mit Verlusten bis zu 90 % auf, aber auch Hühner und andere Geflügelarten können sich infizieren. Lediglich Wasservögel erkranken fast nie mit Symptomen.

Der Übertragungsweg geht um zwei Ecken, denn die Einzeller sind quasi blinde Passagiere in Wurmeiern. Ein Wurm, der nur bei Geflügel vorkommt, stellt ihr Taxi. Dieser Pfriemenschwanzwurm (Heterakis gallinarum) hält sich ebenso im Blinddarm der Hühner auf wie sie. Dort gelangen die Einzeller in die Würmer.

In den Würmern vermehren sie sich und dringen in deren Eier ein. So verlassen sie in den Eiern als Mitfahrer das erkrankte Huhn. Nimmt nun ein anderes Huhn diese Wurmeier auf, schlüpfen nicht nur die Wurmlarven, sondern auch die Einzeller sind wieder frei. Sie siedeln sich im Blinddarm der Hühner an und gelangen auch in deren Leber.

Der Blinddarm entzündet sich hochgradig und es kann zu absterbendem Gewebe in der Leber kommen. Diese sogenannten Nekrosen sind typisch für die Schwarzkopfinfektion. Beim Huhn sieht man außerdem gelegentlich Lebernekrosen, die die Stoffwechselfunktion stark einschränken.